Il santuario di Futarasan (二 荒山 神社, Futarasan Jinja) si trova vicino a Toshogu nel centro di Nikko. Molto più antico del suo vicino più sontuoso, il Santuario Futarasan fu fondato nel 782 da Shodo Shonin, il monaco buddista che introdusse il Buddismo a Nikko e che fondò anche il vicino Tempio di Rinnoji. Il Santuario di Futarasan è dedicato alle divinità delle tre montagne più sacre di Nikko: il Monte Nantai, il Monte Nyoho e il Monte Taro. Futarasan è un nome alternativo del Monte Nantai, il più importante dei tre. I terreni del santuario sono visitabili gratuitamente tranne che per una piccola area a pagamento a sinistra della sala delle offerte (haiden). L’area a pagamento comprende un piccolo giardino alberato con un paio di altre sale, una sorgente, vecchi alberi sacri e viste più ravvicinate sulla sala principale (honden) che si trova dietro la sala delle offerte. Situato a un chilometro dal terreno del santuario, il ponte Shinkyo appartiene anche al santuario di Futarasan.
Altri due santuari di Futarasan sono situati più in alto nelle montagne nella vicina Okunikko: uno si trova sulla cima del monte Nantai e l’altro sulla riva settentrionale del lago Chuzenji alla base della montagna. Il Santuario di Futarasan si trova a circa 200 metri a ovest di Toshogu, a 30-40 minuti a piedi oa 10 minuti di autobus (310 yen a tratta, 500 yen giornalieri, coperti dai pass gratuiti) dalle stazioni Tobu e JR Nikko.